本发明公开了一种批量计算近缘物种间基因组编码区SNP位点的方法。本发明所提供的计算近缘物种间基因组编码区SNP位点(coding SNP，cSNP)的方法综合运用了基于Blast成对比对结果后进行聚类搜索直系同源基因的InParanoid程序，基于比对两套DNA编码区序列(cds序列)的Crossmatch载体屏蔽软件，以及结合Perl脚本语言编程等方法。实验证明，本发明所提供的批量计算近缘物种间cSNP位点的方法比较系统，检测近缘物种间cSNP的重复效果好，速度快，易实现批量化、自动化和流程化。

本发明公开了一种批量计算近缘物种间基因组编码区SNP位点的方法。本发明所提供的计算近缘物种间基因组编码区SNP位点(coding SNP，cSNP)的方法综合运用了基于Blast成对比对结果后进行聚类搜索直系同源基因的InParanoid程序，基于比对两套DNA编码区序列(cds序列)的Crossmatch载体屏蔽软件，以及结合Perl脚本语言编程等方法。实验证明，本发明所提供的批量计算近缘物种间cSNP位点的方法比较系统，检测近缘物种间cSNP的重复效果好，速度快，易实现批量化、自动化和流程化。